バージョンアップお疲れ様です。
4.6はまだ数時間触った程度ですが、問題が発生したので取り急ぎ報告します。


①スキニング時のブラシの「ぼかし」の挙動がおかしい（反応したりしなかったりで斑になる）。
　メタセコやPCを再起動しても直りません。別のデータでも同じです。
　オプションはリニア・ボーン制限２・自動正規化ON（PMD用／Ver 4.59ならこれで普通に塗れる）。
　私はこれがないと作業できない為、4.59に戻しました。

②格子の変形ボタン押下時に分割数（＆選択フィット）を変更出来なくなったのが不便（仕様変更？）
　頻繁に条件を変えて使う為、一々初期設定ボタン押すのが面倒なのと、格子の頂点が表示されている
　方が視認性が良いという理由で、変形ボタン押下状態で数値指定する事が多かったのです。
　頂点を動かした直後に即フィットし直して、分割数を変えてまた変形…という事もよくやります。
　これらがテンポ良く出来なくなった為、格子ツールの作業速度が大幅に低下してしまいました。

③Matcap表示時にテクスチャが表示されなくて困る（不具合でなく仕様変更ですが）。
　本来の使い方ではないと思いますが、造形中の形状把握やリアル系シェーダーでの表示をイメージ
　するのにMatcap表示を多用しています（コンスタント系の表示から一瞬で切り替えられるので便利）。
　一般にはVerupによる改善になるのかもしれませんが、個人的にはテクスチャが無いとイメージが