Ver4.6.2、Ver4.5.9のメタセコでFBXを出力し、MayaでインポートしたところUVが下記の画像のように面単位でバラバラになっております。
出力は、スムージングありで2016、2014等で出力しても同じ結果でした。
https://imgur.com/a/hqC46

こちらは、内製のMaya用MQOインポーターですがMayaのUVエディタで面をダブルクリックで選択するとちゃんと接続されたUVがすべて選択されます。
https://imgur.com/a/MtNNm

上記画像のように、FBXを読み込んだ時点でUVが接続されているようにお願いします。
ちなみに、Mayaで出力したFBXをMayaに読み込んでもちゃんと接続されております。

現象の確認と修正の方よろしくお願いします。