すみません。寝る前に質問したのでわけわからい文になってますね。

たとえばeye_Lとheadをつなぐdummyボーンを削除して
eye_Lの親をheadとしたとき　親と子が離れています。ダミーボーンを挿入しますか？をはいにすると
ダミーボーンがheadではなく先端側とつながってheadの子にならないのですが。

ボーンリストは「ボーン」「ノード」のどちらの表示モードにしていますか？
PMDテンプレートを使用する場合はノードモードを選択してください。

親子関係がわかりづらい原因の一つは内部ではノード単位ではなくボーン単位で管理していることにあると思います。
そのため、親の設定をボーン設定から名前で選ぶとわかりづらいことになってします。リギングモードの移動でドラッグしながら右クリックも押す操作で親子ノードを接続してください。