どのバージョンからどのバージョンへアップしようとしているのでしょうか？
バージョンによってできるできないがあります。

お返事ありがとうございます。
4.5.5から最新のものです。

4.5.5から4.6.5へは特に何もせずともそのまま設定が引き継がれます。
例えば32bitと64bitが違っているとかではないでしょうか？

bitは共に64です。
具体的に、どのファイルが設定やショートカットに値するか
教えて頂く事は可能でしょうか？
そちらをコピペすればきちんと適用されないかと考えおります。
よろしくお願い致します。

64bit版の場合、
C:\Users\(ユーザー名)\AppData\Roaming\tetraface\Metasequoia4_x64
フォルダ内のMetaseq.setting.xmlやshortcut.datがそれに当たります。
Ver4.0.0以降はずっとフォルダに設定ファイルが格納されるので、アップデートしてもそのままご利用いただけるということになっております。

ただし、こちらはインストーラからインストール先のフォルダを変えずにインストールした場合の話で、インストール先を変えたり、インストーラを使わずzip版を使った場合は、上のフォルダではなくインストール先のフォルダ内に格納されることがあります。