違いが大きいところで具体的にどの程度誤差があるのでしょうか？
ファイル出力時の桁数や浮動小数点演算誤差などの影響で多少は違う結果になるのですが、それだと目に見えるレベルにはならないので、何か別の要因があるのかもしれません。

>違いが大きいところで具体的にどの程度誤差があるのでしょうか？

ご返事ありがとうございます。
最近の例では、bone1のウェイト値が88、bone2のウェイト値が12と設定してエクスポート(XMLファイル)し、それを同じオブジェクトに同じボーン(それぞれ座標、位置関係や大きさ同一)にインポートすると価がそれぞれ88→74.85、12→25.15となっていたりします。

因みにウェイトの設定はペイントで主に点を選択してウェイト値を手動入力し、ボーン影響数は5ボーンまでとしていますが、該当する点のウェイトはインポート後も上記の2つのボーン以外には影響されていないようでした。

試しに下記の事項をチェックしてみました。
1.周囲の点のウェイト値はエクスポート、インポート後も変化なし
2.エクスポートしてできるXMLファイルを参照して、該当の点と思われるウェイト値をチェックしても、少数第５以下に、エクスポート前の手動設定値とは僅かな差が出ている程度。確かに、目に見えない影響の精度でエクスポートは出来ていそう

素人判断ですが、本件の不具合が起こるタイミングとしては恐らくインポート時だと思われます。
宜しくお願いします。