おそらく、隣接するポリゴンと繋がっていないのが原因だと思います。同じ座標に頂点が置かれている状態で連結されていない状態です。
スムースのかかっていないポリゴンの頂点を範囲選択で選択してctrl+Jでマージするか近接する頂点をくっつけるでマージしてみてください。