この問題に繋がる問題かと思われます。
ボーンモードとノードモードの関係性はほんとにややこしいので、なんとかしていただきたいですね…。
http://metaseq.net/bbs/metaseq/bbs.php?lang=jp&res=7509

単に頂点変形用機能としてボーンを使用するなら「ボーン」モードでいいのですが、割り当てたウェイトをPMDやFBXファイルに出力する目的の場合は、切り替えながらではなく常に「ノード」モードにしてご利用ください。途中で切り替えると、挙動というか性質の違いによる影響から、それまでの編集結果とは若干異なるものになることがあります。

親子関係というのは、ボーン設定内の「親」の項目のことでしょうか？
こちらはボーンモード用の値で、ノードモードでは直感的には一致しないものになってしまっています。（後付けでノードモードを追加した際に対応できていないため）

そのため、親子関係についてはボーンリストや3D画面上でのボーン名表示（表示設定でONにする）で確認し、付け替える際にはボーンをドラッグで移動しながら右クリックして他のボーンに吸着させる方法で行ってください。

また、ノードモードでは他のPMD/FBXベースのソフトと同様の結果を実現させるため、分岐の直下にある子ボーンが連動して動き、ウェイトも分岐部のノードに集約される形となります。結果として違っているように見えますが、これが各モードでの正しい動作です。

＞まじかる☆しげぽんさん　2018-2-05ご投稿のリンク先にあるTwitterを拝見させていただきました。
ボーンモードでは、LeftUpperLegはHipsの子ですが、ノードモードではSpineの子になっていますね。そうです、このことです。

＞管理人さん
ノードモードで利用する場合は、始めからノードモードで正しく親子関係がつくよう作業して欲しいということですね。

> 管理者様
ご自身で書かれていてる対応方法をユーザー目線で読み返していただきたいのです。
ボーンモードによる親子関係の不一致、それに対応するために特定の操作で対応するしかない、それらの整合性を合わせるためにエクスポーター側で形のみ整えているというのはユーザーからするととても複雑な状態になっています。

今一度、ボーンモードを根本から見直すことを考えていただきたいです。
そもそも、エクスポート時に分岐状態を選択するという対応が相当歪です。
他のツールのFBXエクスポーターでもそのようなややこしい対応をしているのはあまり見たことがありません。

対応ご検討よろしくお願いいたします。

http://metaseq.net/bbs/metaseq/bbs.php?lang=jp&res=7509
こちらで出してる要望も、現状の仕様を大きく変えれないなら分かりやすく表記してほしいという要望なのでパッチ的な対応要望です。

根本的な対応を、具体的に言うともう「ボーン」モードを廃止して「ノード」のみで動作するようにした方が分かりやすいのではないかと思います。
そうすれば、それぞれのモードで親子関係の差異にも混乱せずに済みます。
出力も基本的に、分岐オプションは廃止し「ノード」モードで構築しているノード構造をそのまま出力できるようにしてほしいです。
内部的には「親側のみ配置」のみというのをデフォルト処理にするという状態になっててもいいですが、それはもう内部で吸収して表に見えるユーザーが操作する範囲で、ややこしい構造や操作手順を把握してないとノード構造がおかしくなるというような状態を無くしてほしいです。

以上、ご検討よろしくお願いいたします。