一応C++の確認用コードも載せておきます。SDKのWiredサンプルを書き換えて使ってください
https://pastebin.com/87BTrULT

SDKレベルでアクセスする場合、名前を含めたパラメータはすべて[ボーン]モードに基づくものとなります。このため、[ノード]モードを使用する際にはボーン名の表記の違いを考慮する必要があります。

SDKから取得されるボーンモードではLeftLowerArmの下にLeftHandおよびLeft****_Dummyの計5本のボーンが存在します。
これをノードモードで表示すると、分岐箇所のノードは5本のボーンのうち先頭のボーン名が採用されてLeftHandノードとなり、その下に5つのLeft***Proximalノードがぶら下がる形となります。

つじつま合わせのために後付けでノードモードが追加されたため、直感的にわかりづらいのですが、[ボーン]モードに切り替えながら正しい構造になっていることをご確認ください。

bone_manager.SetListMode(MQBoneManager::LIST_MODE_BONE); //LIST_MODE_NODE
を150行目に追加して確認してみましたが、BONE/NODEともにLeftLowerArmの子が５つ、LeftHandの子が１つになります

↑SetListMode()じゃなくてボーン名で処理を変えろということなのでしょうか？
ノードモードとボーンモードの説明がSDKにも無いのでこれ以上よくわからないです。
# MQBoneManagerを使うUnityMeshSyncも間違ったボーン構造をインポートしているようです

ボーンモードとノードモードわかりました。本体ヘルプにありました。

要望なのですが、Humanoidのテンプレートを選択したら、ノード→ボーンモードに切り替えて、LeftHandの子に指が付いているテンプレートを作ってもらえないでしょうか？
せっかく楽をするテンプレートなのに指８本と足２本を付け替えないといけないのがかなり面倒です