実データを見ないことははっきりしたことはわかりませんが、FBX内ではノードとジョイントの２つの回転角を別々に設定できるため、それが影響している可能性があると思います。
メタセコイア上では常にY軸がボーンの先端へ向かうので、その方向と一致しない回転角が意図的に設定されていた場合にはそれは失われることになります。

そうではない場合、単に不具合などの可能性もあります。弊社サポートまでデータをお送りいただければ調査いたします。

返信ありがとうございます。
なるほど、FBXのデータはノードとジョイントが個別の座標系を持つことができるのですね。
幸いMetasequoiaで出力後のFBXファイルのローカル座標の修正出来るのですが、可能であればMetasequoia内でローカル座標の修正をしたいと考えています。
http://blog.metaseq.net/2015/03/blog-post.html
上リンクでは”リギングモードでボーンを回転してこの向きを調整しておく”とあるのですが、単純なボーン構造で試してみても、羽の向きを意図する形で調整することが上手くできません…。この羽の向きの調整に関するもう少し細かい解説はどちらにあるのでしょうか？

基本的に操作方法などについてはヘルプに一通り記載しておりますが、羽の向きについては、編集オプション内の「L」をONにした状態でボーンを回転することで調整することができます。

ローカル座標軸の編集方法、確認できました。ありがとうございます。
Metasequoia上でローカル座標を見てみると、そもそも特に問題はないようでした。アニメーション作成に利用しているソフト(Akeytsu)側の問題の可能性もありそうですので、一度そちらのパブリッシャーと連絡を取ってみます。

一つ検証作業中に気づいたのですが、ローカル座標は対象モードで編集しても対称が反映されない仕様なようですが、これは何か理由があってのことなのでしょうか？
ローカル軸をxyz軸と並行や直角となる形で調整する場合は手作業でもなんとかなりますが、任意の方向へローカル軸を調整したい場合、対象モードが使えないのはちょっと厳しいものがあります。
可能であれば、ローカル対称編集モードの実装をご検討いただけますでしょうか。