モーフを使用する際には、頂点を作成した順序に応じて対応する頂点対が決定されます。そのため、単に数を同じにしたものを用意するやり方では正しく動作しません。

基本的には元のオブジェクトから複製し、頂点を移動させてモーフ用のオブジェクトを用意します。その際に頂点の追加・削除を伴う操作を行うと順序がくるってしまうので、そうならないようご注意ください。

>基本的には元のオブジェクトから複製し、頂点を移動させてモーフ用のオブジェクトを用意します。その際に頂点の追加・削除を伴う操作を行うと順序がくるってしまうので、そうならないようご注意ください。


投げ縄ツールで変形対照を選択して移動・変形・拡大縮小の基本的なことしかしておりません(パーツごと分けたオブジェクトをいじった後に統合はしています)
このなかで頂点の追加・削除が知らずに行われそうな工程はありますか？

統合すると順序などが変わるので、こちらではないでしょうか？

標準機能にはありませんが、Indexerプラグインを入れると頂点の番号を表示できるので、どこがおかしいかのチェックに役に立つと思います。
http://www.metaseq.net/software/indexer.html

ありがとうございます。
試してみます。