鏡面はつかっていますか?あるいは鏡像複製をしましたか?
片方の目で頂点モーフを作って反対側のモーフも作ろうとしたときに鏡像複製を使ってはいけません。
頂点モーフはモーフ前のメッシュの形状を比較して動作しているのではなく純粋に頂点の番号を参照して動作しているので、
モーフ用のメッシュを反転させて作成してしまうと、頂点の配置が反転してしまうのでモーフ中にひっくり返ってしまいます。

適切な回答有難うございました。鏡面の複製で間違った操作をしていたようです、きちんと変形できました。