Ver4.6.6で1バージョン古い状態ですが、GLTFのエクスポートで仕様に沿ってないデータが出力できてしまうようです。
GLTFの仕様では、メッシュの最小単位が1ポリゴンでメタセコのようにオブジェクトレイヤーの中身が何もない0ポリゴンのデータをGLTFとしてエクスポートするとエラーとなるデータになります。
そのまま読み込めるビューアーも存在しますが、Windowsのペイント3Dで中身が何もない0ポリゴンのデータをGLTFとして出力してGLBファイルを開こうとするとこのようにエラーが出ます。
https://imgur.com/a/Z4F1Tfq
ポリゴン数が何もない空のデータを出力しようとした際にエラーを表示して出力を中止するよう対応してもらえればと思います。