メタセコのバージョンですが4.6.7で確認しました

まず１番目ですが、自動正規化がオフであっても、表示時には内部でウェイトが合計100になるよう調整されます。そのため、0ならまったくボーン変形の影響を受けないので元の位置のままになり、1つのボーンへのウェイトが1でも付いていればそのボーンの変形に追従するようになり、結果的に1でも100でも見た目の位置は変わりません。

２番目はよくわかりません。気づかないうちにボーンやスキンオブジェクトの選択をうっかり外してしまって、アレっ？となることがあるので、こちらではないかと思うのですが・・・

３番目はボーン設定で「根元ノードの移動」がオンになっているのではないでしょうか。オンのときにスキニングモードで同じボーンを２回クリックすると根元側が選択され、この状態で移動すると親から切り離した移動が可能になります。
現状デフォルトでオンなのですが、根元からの切り離しがそれほど必要になるとは思えず、デフォルトはオフのほうがいいような気がしているのですが、かといって安易に変えていいか判断がつかないでいます。

アニメーションは需要がさほど多くなく、またシステム間で共通性の薄いエフェクトとの連動などの要素も強くて、中途半端につけても市場開拓にもならないので、現状では検討はしておりません。