4.6.8で確認後4.6.9でも確認しました。
これは表示のスムージングをONにしてやってください。スムージング角度は初期設定の59.5度で角度のみです。

ドーナツ型の面を作るとします。
１．面の生成の多角形で、ランドルト環のような形を作る。
２．同じく面の生成で、真ん中の穴は潰さないように、ドーナツ型になるように面の生成をする。
３．２で作った面と、1で作った面を分けてる辺のうち、片方をエッジの消去で消す。
４．消さなかった方の辺が、エッジの消去で消せない。

元に戻すを使って、また３で消した辺と同じ辺をエッジ消去で消しても、違う結果になることがあります。
場合によっては、元に戻す2回でも、元のドーナツ型の状態に戻せなくなり、
そのデータを諦めて再起動して、途中保存しておいたデータから作り直すしかない状態になる事があります。
とくに３と４で消したい辺が、エッジ分割やナイフでいくつかの辺に分けられていた場合、異常が起きやすく思います。

私はこれを、人の耳を、下絵をもとに面を生成して、奥行き別に分けていた時に発見しました。
仕様や3DCGモデリングソフトの特性である可能性も考えましたが、
元に戻せないことや同じ操作で違う結果になったりするのは不具合ではないかと思うので、タグは不具合報告としました。

別の再現方法として、基本図形の面に、前方後円墳の形にエッジ追加して、
真ん中の〇面を削除したら３からは同じです。