メタセコイアで出力したmqoファイルのvertexチャンクの値がファイルフォーマットに適合しません。
以下のようにvertexチャンク内で%.4fではなくまた指数表記になっているところもあります。
メタセコイア内での表記ではこの頂点と思われるものが139.50, 25.0, -0.00となっていました。
メタセコイア4.7.0で開き、視点移動及び別頂点の移動をして保存しても以下の表記は変わりませんでした。

==== 以下抜粋 ====
Metasequoia Document
Format Text Ver 1.1
<略>
Object "body" {
<略>
    vertex 788 {
<略>
        139.5 25 -9.99999975e-05