PMD向けのテンプレートには元々ボーン名は英語で入っています。
ボーン設定モードがPMD向けの場合、ボーンリストには日本語に変換して表示されるようになっており、PMDファイル出力時に日英両方のボーン名が自動設定されるので、その状態で特に何も問題ありません。

標準構造にないボーン名を入力した場合は自動変換されないので、ひとまずボーン名を日本語で入れておき、PMDファイル出力時に「ボーン英名編集」で英語名を設定するとPMDファイルには日英両方のボーン名が格納されるようになっています。