調査に時間がかかり返答が遅くなりましたが、回転角が0になるボーンは角度制限を設けているのでしょうか？

FBX SDKの仕様が昔と変わったのか、いつの間にか回転角制限の処理がおかしくなっていたため4.7.5で変更を加えましたが、まだ不都合な箇所があるのかもしれません。

>FBX SDKの仕様が昔と変わったのか、いつの間にか回転角制限の処理がおかしくなっていたため4.7.5で変更を加えましたが、まだ不都合な箇所があるのかもしれません。

作成している3Dモデルを確認した所、おっしゃる通り角度制限をかけていました。
回転角度が0で出力されたボーンには以下の角度制限をかけています。

x: -4.00,35.00
y: 0.00,0.00
z: 0.00,0.00

x: -20.00,40.00
y: -180.00,180.00
z: -180.00,180.00

Ver4.7.5aで該当のボーンの角度制限をデフォルトにしてfbx出力をしたところ、設定された回転角度で出力されることを確認しました。