面の方向を統一すると、全体が表か裏のどちらかになるので、裏になった場合は全体を反転すれば大丈夫です。
ただ、これはオブジェクトが一枚皮になっていることが前提で、例えば１つの辺を３つの面が共有している箇所がある場合は表裏の一貫性が保証されません。
きちんと統一されない場合は、形状におかしな箇所がないか見直してください。

また、入力側のソフトで軸の方向の定義が違っている場合、objなど他の形式のファイルに出力する際にその軸の向きに合わせ、また明示的に面を反転するかどうか指定しないと、表裏が逆転することがあります。
3Dプリンターでの出力が前提であれば、軸の定義が決まっていないobjよりもstlか3mfを使うのが確実です。
また、3DBuilderではエラーの箇所が特定できないので、無料のソフトであればMiniMagicsでチェックするのがおすすめです。

回答ありがとうございます。

ちなみにフルカラー3Dプリンタで出力する場合は、objで渡す必要があるのでobjを使っています。