お世話になっております。
一応不具合報告とさせていただきますが、現在そのような仕様ということでしたらすいません。

スキニング済みのモデルにボーンを新たに追加して、「ウエイトを設定する」とするとすでに他のボーンでスキンニングが完了してる他のオブジェクト（鍵あり非表示）も自動反映の対象になってしまいます。つまりウエイトペイントが完了しているものが関係のないボーンを追加しただけでめちゃくちゃなウエイトになってしまい振り出しに戻る感じです。
鍵無し表示パーツのみを対象にするとかにならないでしょうか？
又は注意メッセージが出るとか？すでにスキニング済みのものには影響がないようにできませんでしょうか？
よろしくお願いいたします。