お世話になります。
最新バージョンで対応いただいたマルチUVに関して、不具合？らしき挙動が見られたので共有となります。

状況を言葉で説明するのが難しいため、以下手順を踏んで結果をご確認いただけますと幸いです

１：新規プロジェクトで基本図形から立方体をデフォルトの位置で生成
２：mat1マテリアルの模様として任意のテクスチャ（自分はUVチェック用テクスチャ）を指定
３：UV操作パネルからUV2を新規作成
４：mat1から凸凹として「２」で指定したテクスチャと同じテクスチャを指定し、UV2を設定（出力時にUV2マップを消さないために）
５：fbx出力を行う（設定値：「可視オブジェクトのみ」 / FBX binary / FBX202000 / スムージンググループの出力）
６：「５」で出力したFBXをインポートする（オプションは初期設定のまま）

上記を実施した状態の標準UVとUV2のマッピングを確認すると、
UV2の各面のVが反転したような状態で表示されると思います。
（凸凹テクスチャをクリアして、模様テクスチャをUV2で表示すると、「２」で指定した見た目と上下が反転する）

Ver4.8.5a (64bit) で上記を確認しております。
ご確認いただければ幸いです。