再インストールしてみたのですが、今回は復帰できませんでした・・・。
大学のＰＣ、個人所有のＰＣでも同じ現象が起きているので一応の報告をしておきます・・・・。

症状を確認できませんが、Alt+Tabキーを押せば正しく表示されるようになったりはしないでしょうか？
また、お使いの環境はマルチディスプレイ環境でしょうか？

あと、「Metaseq.ini」というファイルを削除してから起動するとどうなるでしょうか？
もしこの方法で起動に成功するなら、削除する前の状態のファイルを送っていただけると幸いです。
（削除前にファイルのバックアップを取っておくか、またはごみ箱から取り出してください）
よろしくお願いします。

Metaseq.iniの削除を試してみたのですが、やはり動きませんでした・・・。
何回かインストーラーを使わないタイプで試した所、一応動くようにはなりました。
ただ、この場合拡張子が最適化されず、参照で選択してもダイアログに表示されない状態になります。現在の状態がこの状態です。
プラグイン、betaパッチも問題なく有効です。

大学のＰＣも今日確認してきたのですが、Alt+Tabキーでも表示がされない状態だったのですが、しばらく様子を見ていたところ、突如作業画面が表示されました。
スペックは不明ですが、Shade7.0PROが楽に動作する程度のスペックは有るのでスペック不足は考えにくいかもしれません。
感じとしてはグラフィックボードは若干弱めに感じますが・・・・。


追伸：先ほど自宅のＰＣで不具合の出ていた状態でさらに試験してみたのですが、タスクマネージャーの「ウィンドウ」＞最大化でウィンドウを表示させた所、タスクバーを含むモニター全てがメタセコの名前のウィンドウで(何も表示されていないですが)覆われた状態になりました。
最小化、閉じるのみはできる状態で、閉じるを選択すると普通に閉じ、最小化も普通の最小化が行われました。因みに解像度は1400×1050です。
自宅、大学共にマルチディスプレイではありません。

長々とすみませんでした；；

>大学のＰＣも今日確認してきたのですが、Alt+Tabキーでも表示がされない状態だったのですが、しばらく様子を見ていたところ、突如作業画面が表示されました。

大学や自宅でのインターネットへの接続環境はどのようになっていますか？
Ver2.4から起動時にアップデータがあるかどうかをチェックするようにしたのですが、
ブロードバンドの常時接続や、またはまったく外部とはつながっていない場合は
すぐに起動するのですが、中途半端に遅い回線につながっていると起動に
十数秒程度かかる可能性があります。

待っていればそのうち起動するので、環境設定で「システム」内の「最新版があれば
表示する」をOFFにするとアップデータチェックはしなくなります。

大学側の設定は判りませんが、光ケーブルで一般的なストリーミング動画程度ですと非常に快適に再生される程度の通信速度は維持しているようです。
自宅もブロードバンドで特に回線が遅いわけではないです。
もう一度インストール形式でダウンロードしてみたのですが、やはり起動画面が出ただけで、一切作業画面が出ない状況です。
この状況ですと設定を変えることさえ出来ないのでお手上げになってしまいます。
今回タスクマネージャからメタセコを操作し、無理矢理ウィンドウを最大化してみました。
結果「メタセコの枠だけ」でる状態で、本来作業画面が出る部分はデスクトップに使っている壁紙だけが表示されました。
インストーラーを使わない形式ですと普通に使えますが、やはり拡張子の関連付けが出来ない状態が続きます。
ためしにmetaseq.exeをmetasequoia.exeに変えてみたところ、一度拡張子の関連付けが出来ました。
但しこの場合一切のプラグインが無効(スペースはあるのですが、空欄表示に)なってしまいます。
一度元の名前に戻した所、拡張子は無効になり、プラグインは有効になりました。
また名前をmetasequoia.exeにしてみた所、今回は拡張子の関連付けが出来ませんでした。
現在はmetaseq.exeに名前を戻してドラッグでファイルを突っ込んで使っている状態です。

関連付けに関しては、メタセコを起動後に環境設定で設定することでできるはずです。
metaseq.exeで関連付けしてあるのに、実行ファイルだけリネームすればパスが通らなくなるので当然関連付けが外れます。

metasequoia.exeで関連付けできたのは、一度実行ファイルをそれにリネームしたときに環境設定で関連付けの設定をしたのではないでしょうか？
基本的にどのソフトにもいえることですが、レジストリを使用してるソフトなどもありますので不用意に実行ファイルのファイル名はリネームしないほうがいいでしょう。
余計なトラブルが増えます。
インストール形式のソフトならインストールし場所から移動したりするのも同様。

めたっこ様＞アドバイス有難うございます＾＾
無事拡張子の関連付けが出来ました。

水野様＞今の所現状維持の方向で作業しておりますので、また不具合が生じ始めましたらご連絡いたします。
この度は有難う御座いました。

Ver2.5 Beta5で起動時にウインドウが画面外に表示されてしまうことがないようにしたのですが、どうでしょうか？
たぶんこれで問題が解消したのではないかと思うのですが。